事業主が従業員のマイナンバーの確認を行う際には、通知カード等で確認をすることになっています。
従業員が、個人番号カード、通知カード、住民票の写しのいずれの提示も拒否した場合は、どうするかについて関係官庁に協議することになっていましたが、国税庁のＦＡＱによると、「自身の個人番号に相違ない旨の申立書」の提出により番号確認を行うことができるとされ（Ｑ４－５）、申立書には氏名、住所、生年月日の記載と本人の署名押印が必要となります。

国税庁ＦＡＱ
http://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/04kokuzeikankei.htm
申立書にひな形
http://www.nta.go.jp/mynumberinfo/kokuji/pdf/youshiki01.pdf

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